赣州市水利局机关设有办公室、计财科、水资源科(河长制工作科）、建管科、农水科（农电中心）、水保科、防监科7个职能科室，以及机关党委；下属全额拨款事业单位有赣州市河湖保护中心、赣州市水政监察支队。管理市水土保持中心、市水利电力勘测设计研究院。
赣州市水利局的主要职责是：
（一）负责保障水资源的合理开发利用。在全市经济社会发展总体规划的框架内，拟订水利建设与发展战略规划，组织编制主要江河湖泊的流域综合规划、防洪规划。按规定制定水利工程建设有关制度并组织、监督实施。负责提出中央和省、市级水利财政性资金安排意见，提出中央和省、市级水利建设投资安排建议，负责水利项目投资计划管理。
（二）承担市河长办公室日常工作;指导开展河(湖)长制工作的督察、督办，承担河(湖)长制的考核评估工作。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，开展水资源有偿使用工作;指导水量分配工作并监督实施，指导河湖水生态保护与修复、河湖生态流量水量管理;组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作;组织开展水资源评价有关工作;指导、监督河道采砂管理工作，指导河道采砂规划和计划的编制;拟订全市节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作;指导和推动节水型社会建设工作。组织起草地方性涉水规范性文件;研究拟订全市水利工作政策并监督实施;承办市水行政主管部门行政应诉、行政复议和行政赔偿工作;组织指导水政监察和水行政执法，协调跨县(市、区)水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。
（三）负责组织编制全市水土保持规划并监督实施;开展县(市、区)人民政府水土保持目标责任制度考核工作。组织、协调、检查全市水土流失综合治理工作;负责水土流失综合防治和监督管理工作;负责对全市辖区内水土保持监测工作管理;负责生产建设项目水土保持监督管理及水土保持设施自主验收核查工作;负责对水土保持法律、法规的执行情况实施监督管理;负责水土保持补偿费征收，并对市级及以上审批项目拒不缴纳水土保持补偿费进行处罚;指导全市水土流失综合治理及水土保持重点工程建设;承担管理全市农村“四荒”资源开发治理工作;负责水土流失治理新技术的试验、示范、推广;指导全市实施水土保持综合治理工程项目。
（四）指导水利工程建设与管理。指导全市水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导重要江河、湖泊及滩涂的综合治理和开发。负责全市河道采砂的管理和监督检查工作。灌溉等工程建设与管理工作，指导农村水利社会化服务体系建设。
（五）组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施;协商水文等部门做好水情旱情监测预警工作;指导防御洪水应急抢险技术服务和防汛抗旱期间重要水工程调度工作;督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况;组织实施水利工程质量和安全监督;指导水利行业安全生产工作，组织开展水库、水电站大坝及农村水电站的安全监督管理;全面落实市安全生产工作职责暂行规定中的水利部门安全生产监管职责。
（六）开展水利科技教育和涉外工作。组织重要水利科技推广。负责并监督全市水利行业技术标准、规程规范，监督行业标准和规程规范的实施。负责水利行业对外合作与交流。指导全市水利行业队伍建设。承担水利统计工作。
（七 ）承办市人民政府交办的其他事项。